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                                                                                                                            解刚才

                                                                                                                            发布日期:2018-03-17 09:41 发布作者:生殖医学研究院 阅读次数: 字号:[ ]


                                                                                                                            解刚才,教授,南通大学高层次引进人才。本科毕业于中国科学技术大学生物学系,博士毕业于上海中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所,曾以访问学者或者博士后在德国、美国多个研究机构工作,包括德国柏林马克斯-德尔布吕克分子医学研究中心、美国纽约哥伦比亚大学医学院以及美国费城儿童医院。目前,主要从事计算生物学领域的交叉学科研究工作,研究内容包括基于转座子的干细胞调控研究、基于电子病历的遗传疾病致病基因预测、基于斑马鱼模式生物的血管再生研究、基于深度学习以及单细胞测序技术的生物医学研究。代表性研究成果以共同第一作者发表于《Nature》杂志,该成果首次通过转座子转录表达的研究,筛选出了体外培养的人类初始胚胎干细胞;同时,该研究工作也得到了同行的广泛引用(单篇Web of Science核心引用137次,他引128次)。目前,已发表SCI论文11篇,其中2篇影响因子高于20,论文总影响因子124,平均影响因子高于10,论文总引用率700(基于google scholar),其中6篇为中科院JCR分区一区文章。相关论文发表在《Nature》、《The American Journal of Human Genetics》、《Cell Stem Cell》、《Genome Biology》、《Genetics in Medicine》等高水平杂志上。


                                                                                                                            邮箱: gangcai@ntu.edu.cn

                                                                                                                            研究方向:

                                                                                                                            人生殖以及胚胎早期发育相关转座子调控机制研究主要研究占比人类基因组接近一半的转座子(transposable elements)重复片段在人生殖细胞以及胚胎早期发育阶段细胞中的活跃调控机制。

                                                                                                                            深度学习在生物医学领域的应用:过去几年,深度学习技术不断在图片识别、自动驾驶、语音识别等领域取得突破,同时高通量测序技术、电子病历等相关技术的发展为生物医学领域提供了海量数据。我们的工作主要应用深度学习算法整合现有生物医学大数据,为罕见疾病、慢性疾病等疾病的诊断和治疗提供更有效的途径。

                                                                                                                            单细胞测序相关算法与软件开发:开发基于scRNA-seq, sci-ATAC-seq技术的算法与软件,同时将其应用于人类生殖相关疾病及生殖细胞发育过程、人类胚胎早期发育、血管再生等领域生物学问题的研究。

                                                                                                                            代表性论文:

                                                                                                                            Jung Hoon Son*, Gangcai Xie*, Chi Yuan, Lyudmila Ena, Ziran Li, Andrew Goldstein, Lulin Huang, Liwei Wang, Feichen Shen, Hongfang Liu, Karla Mehl, Emily E Groopman, Maddalena Marasa, Krzysztof Kiryluk, Ali G Gharavi, Wendy K Chung, George Hripcsak, Carol Friedman, Chunhua Weng, Kai Wang.Deep phenotyping on electronic health records facilitates genetic diagnosis by clinical exomes. The American Journal of Human Genetics, 2018 (* 相同贡献)

                                                                                                                            Wang Jichang*, Xie Gangcai*, Singh M, Ghanbarian AT,Raskó T, Szvetnik A, Cai H, Besser D,Prigione A, Fuchs NV, Schumann GG, Chen W,Lorincz MC, Ivics Z, Hurst LD, Izsvák Z. Primate-specific endogenousretrovirus-driven transcription defines naive-like stem cells. Nature. 2014. (* 相同贡献)

                                                                                                                            Xie G*, Dong C*, Kong Y, Zhong JF, Li M, Wang K. Group Lasso Regularized Deep Learning for Cancer Prognosis from Multi-Omics and Clinical Features. Genes. 2019 Mar21;10(3).*相同贡献)

                                                                                                                            ShiY, Duan X, Xu G, Wang X, Wei G, Dong S, Xie G#, Liu D#. A ribosomal DNA-hosted microRNA regulates zebrafish embryonic angiogenesis. Angiogenesis. 2019 Jan 17.(#共同通讯)

                                                                                                                            Hu W, Qiu B,Guan W, Wang Q, Wang M, Li W, Gao L, Shen L, Huang Y, Xie Gangcai, Zhao H, Jin Y, Tang B, Yu Y, Zhao J, Pei G. DirectConversion of Normal and Direct conversion of normal and Alzheimer’s diseasehuman fibroblasts into neuronal cells by small molecules. Cell Stem Cell. 2015.

                                                                                                                            Wei YN, Hu HY, Xie Gangcai, Fu N, Ning ZB, Zeng R,Khaitovich P. Transcript and protein expression decoupling reveals RNA bindingproteins and miRNAs as potential modulators of human aging. Genome Biology. 2015.

                                                                                                                            Somel M, Liu X,Tang L, Yan Z, Hu H, Guo S, Jiang X, Zhang X, Xu G, Xie Gangcai, Li N, Hu Y, Chen W, P??bo S, Khaitovich P.MicroRNA-driven developmental remodeling in the brain distinguishes humans fromother primates. PLoS Biology. 2011.

                                                                                                                            Bertelsen B,Nazaryan-Petersen L, Sun W, Mehrjouy MM,Xie Gangcai, Chen W, Hjermind LE, Taschner PE, Tümer Z. A germlinechromothripsis event stably segregating in 11 individuals through threegenerations. Genetics in Medicine.2016.

                                                                                                                            Bertelsen B,Melchior L, Jensen LR, Groth C, Nazaryan L, Debes NM, Skov L, Xie Gangcai, Sun W, Br?ndum-Nielsen K,Kuss AW, Chen W, Tümer Z. A t(3;9)(q25.1;q34.3) translocation leading to OLFM1fusion transcripts in Gilles de la Tourette syndrome, OCD and ADHD. Psychiatry Research. 2015.

                                                                                                                            He Z, Bammann H,Han D, Xie Gangcai, Khaitovich P.Conserved expression of lincRNA during human and macaque prefrontal cortexdevelopment and maturation. RNA.2014.

                                                                                                                            Xianbin Su, YiShi, Xin Zou, Zhao-Ning Lu, Xie Gangcai,Jean YH Yang, Chong-Chao Wu, Xiao-Fang Cui, Kun-Yan He, Qing Luo, Yu-Lan Qu, NaWang, Lan Wang, Ze-Guang Han. Single-cell RNA-Seq analysis reveals dynamictrajectories during mouse liver development. BMC Genomics. 2017.



                                                                                                                            下一条: 黄荷凤
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